Cảng Nha Trang nằm ở vĩ độ 12⁰12'Bắc và kinh độ 109⁰13' Đông nằm trong vịnh Nha Trang thuộc phường Vĩnh Nguyên, thành phố Nha Trang. Bờ biển hướng theo hướng Bắc - Nam, trước mặt có một số đảo che chắn như Hòn Tre, Hòn Miễu, Hòn Tằm... nhưng đều cao không quá 300m, có 2 luồng chính vào ra cảng theo 2 hướng Bắc, Nam, nhờ có đảo che chắn nên cảng Nha Trang ít bị ảnh hưởng của bão. Khu vực cho tàu chở hàng nguy hiểm ở Đông bắc đảo Hòn Một với độ sâu tối đa là 20m. Các tàu chở hàng và chở khác neo đậu cách cầu cảng 0,5 mile ở độ sâu là 15m.